Sekolah Ugama Sungai Bunga Tanjung Kindana ialah terletak di tengah-tengah kawasan perairan Perumahan Kampung Sungai Bunga, Mukim Kota Batu berhampiran dengan Tanjung Kindana iaitu sebuah tempat yang bersejarah semasa pemerintahan Sultan Brunei yang ke 14 iaitu Sultan Muhyiddin dalam sekitar tahun 1673M-1690M.
Sekolah ini mula dibuka pada 1hb Julai tahun 1999 Masihi dan telah beroperasi sepenuhnya pada dua bulan kemudian iaitu pada 1hb September tahun 1999 Masihi sebagai Sekolah Rendah Sungai Bunga Tanjung Kindana. Manakala Persekolahan Ugama telah mula berfungsi dan dibukakan kepada orang-orang kampung pada 18hb Oktober 1999 Masihi bersamaan dengan 8 Rejab tahun 1420 Hijrah iaitu kira-kira 10 tahun yang lalu.
Hakikatnya sekolah ini sehingga kini masih digunakan secara guna-sama, dimana disebelah pagi dijalankan bagi sesi Persekolahan Sekolah Rendah iaitu dibawah Kementerian Pendidikan dan disebelah petang pula dijalankan bagi sesi Persekolahan Ugama iaitu dibawah Kementerian Hal Ehwal Ugama namun matlamat sebenar dikedua-dua sesi tetap sama iaitu ‘Mendidik Anak Bangsa dengan berbagai Ilmu’.
Semenjak dari tertubuhnya Persekolahan Ugama dihujung tahun 1999 Masihi, keramaian murid-murid sentiasa meningkat dan mendapat sambutan penduduk kampung untuk menggalakkan anak mereka belajar ilmu agama tidak kira samaada berasal dari penduduk kampung itu sendiri atau dari kampung jiran iaitu Kampung Pudak dan juga tidak terkecuali penduduk Kampung Sungai Besar, Serdang dan Sungai Matan. Namun pihak sekolah akan sentiasa menerima dengan hati yang terbuka diatas kesudian dan kepercayaan penduduk kampung menghantar anak-anak mereka untuk dididik oleh guru-guru dengan ilmu agama.
Pada awal tahun ini iaitu pada 4hb Januari 2010 Masihi seramai 161 orang murid, 79 orang lelaki dan 82 orang perempuan telah belajar disekolah ini dan mengisi ruang bilik darjah Pra hinggalah Darjah VI. Keramaian tenaga pengajar juga berkurang-tambah pada tahun ini seramai 9 orang termasuk Guru Besar. Berkenaan dengan kenderaan kesekolah kebanyakan guru-guru menggunakan dua kenderaan iaitu menggunakan kereta dari rumah untuk menuju ketempat letak kereta Kampung Sungai Bunga kemudian menggunakan pula perahu tambang atau perahu temuai untuk menyeberangi sungai dan sampai kesekolah dalam apa jua jenis keadaan cuaca.
